Смотря какой линукс .
Например Debian имеет очень хороший менеджер пакетов dpkg ,apt,
кстати есть apt, адаптированный под rpm-based дистрибутивы
ядра , ну обновлять надо и патчить время от времени
чтобы быть в курсе разных уязвимостей (и патчей от них соответственно) надо всякие рассылки читать , ходить на linux ориентированные саиты и т.д.
насчет X-ов -на сервере они вообше не нужны (конечно если он не является X serverом для других
)