При сканировании возникает множество различных дефектов (различные виды аберрации, кольца Ньютона и т. д.). Причина может быть как в пленке, так и в оптике, тем более если оптика старая и смена дров тут точно не поможет...
Попробуй купить специальный гель для сканирования прозрачных оригиналов... но я не уверен что это решит проблему
PS Стекло, кстати, простой водой мыть не рекомендуется... есть спец. средства для этого