То ли я такие сложные вопросы стал задавать,то ли уманы не посещают этот форум
В общем ловите решение проблемы:
#! /bin/sh
if (test -z "`ps -A | grep mozilla`") then
echo "Start mozilla"
mozilla $1 &
else
echo "Remote control"
mozilla -remote "openFILE($1,new-window)" &
fi