Надо не
, а найти условный переход (jnz, jz) перед вызовом функции MessageBox или MessageBoxA, который обходит ее, и поменять на безусловный jmp. Если ничего подобного нету, можно попробовать заменить call функции на nop.
P.S. Не забудь, если заменяешь на nop, замени также предыдущие push'ы тоже... Чтобы в стеке бардака не получилось...
Да и еще... Если это не месседж-бокс, а обычное окно, то нужная функция CreateWindow или CreateWindowEx.