Делаешь себя owner'ом на тот каталог, в котором скрытые подкаталоги находятся, при чем ставишь галочку применить к поддерикториям и объектам. После этого на этот каталог даешь себе права на полный доступ и применяешь ко всем поддиректориям и файлам. После этого, можешь делать с файлами и каталогами все, что захочешь.
Если же надо сохранить в том виде, как сейчас, то сначала бакапишь каталог втроенным бакапом куда угодно, потом делаешь все, что написано выше, запоминаешь те каталоги, которые надо грохнуть. Затем востанавливаешь все из бакапа. На тех каталогах, которые содержат скрытые делаешь что выше и сносишь что тебе надо. Или сносишь все, а из бакапа востанавливаешь только то, что надо
А вообще, создаешь каталог(и), раздаешь права так, как это требуется, затем в свойствах каталога(ов) жмешь кнопку Advanced->Add-> выбираешь кого надо -> и ставишь галочку в столбце Deny напротив Write Attributes и Write Extended Attributes.