Goryn
Попытаюсь ответить...
Скорее всего Зеон тоже матрица, и реального мира нет вообще, о чем говорят недюжие способности Нео в реальном мире, по крайне мере мне больше этот вариант нравиться
.
По поводу электромагнитной пушки: все уничтожил Смит вселившийся в какого-то балбеса, не помню как его зовут, об этом сказали еще во второй части.
в общем, так, во второй части создатель матрицы сказал: "найди источник (find sourse)", что у нас перевели по кривому.... и что Нео есть программа, тоже сказал архитектор, точнее избранный есть программа. а Нео это уже некий симбиоз человека и программы, возможность управлять матрицей ему дает как раз програмная часть.
программа избранного подгружается к человеку при накоплении в матрице какого-то количества аномалий, когда Нео мочканул Смита в первой части, часть кода избранного досталась Смиту, вот и он приобрел не хилые способности...
Миссия избранного, точнее симбиоза, перезагрузка матрицы, и новая версия загружается с учетом накопленного в избранном опыта по поводу причин возникновения аномалий, или чего-то там еще...
но вот, в связи с тем что код программы избранного похерился, во второй части перезагрузки матрицы не было.
а, забыл, код избранного при перезагрузке матрицы попадает к архитектору. так вот в третьей части произошло объединение кода, который получил Архитектор, and Matrix Reloaded...
В конце фильма мы видим new version of matix...