Тут нельзя дать конкретных и точных рекомендаций что и как Вам сделать, но Линукс такая Вещь что позволяет настраивать все от и до, вплоть до изменнеия параметров работы ядра "налету". Поэкспериментируйте, зачастую от эого может значительно измениться скорость. Куча информации об этом есть
здесь - раздел "настройка и работа"