По-моему, все намного проще...
Сохраняешь в гиф? - да... У гифа указываешь кол-во цветов? - да...
Так при открытии и редактировании этого сохраненного изображения, в палитре будут отображены именно те цвета, которые используются в этом изображении.
Если хочешь рисовать другими цветами, то просто возьми скопируй все изображение, сохдай новое и вставь туда то, что скопировал. Палитра будет стандартной.
Вроде, все понятно сказал