Вообще вин2000 и винХР - такие вещи, в которых отсутствует проблема "dll-hell".
С регистром лучше не играться, а поступить так, как ранее сказал Психотик - поставить программу Norton Cleansweep, записывать в нее логи при инсталляции программ, а потом все ОЧЕНЬ КОРРЕКТНО можно будет удалить
ps
Norton CleanSweep последней версии работает под ХР совершенно без глюков, да и ранее я за этой программой (вин 98, 2000) не замечал подобного.