У самого была такая проблема со щелчками.
Думаю дело в качестве чтения Audio-диска. Для начала посоветую попробовать использовать цифровой выход (если он есть). Так же обязательно понизь скорость чтения диска.
И попробуй пользоваться CD-DA Audio Extractor, в нём есть функция коррекции ошибок (правда она мне не помогла
)
А вообще избавиться от щелчков можно и программно, после кодирования. Например, каким-нибудь аудио-редактором (на свой вкус выбери, у многих уже сразу заложена такая функция на автомате). А ещё есть хорошая программка MP3Doctor