С градиентом флеш работает, откровенно говоря, просто никак
чаще всего градиент из иллюстратора вообще конвертится в виде битмапа...
а по сабжу.
1. В иллюстраторе есть "Save for Web" - и выбрать swf
2. Поставить FreeHand. Он работает с флешом корректнее иллюстратора