SOS
Сильно с ним не разбирался. но насколько успел рассмотреть, этот скрипт ищет по физическим файлам на диске. собственно поэтому он и не обрабатывает скрипты и SSI.
Написать самому, или найти такой поисковый скрипт, который будет искать не в физических файлах, а со стороны пользователя.