Ну-c, начнем-с

1. Предлагаю сделать по-человечески index.php. Например пользователь vasya будет видеть свою страничку как
index.php?user=vasya, а его персональные ссылки будут вида
index.php?user=vasya&ID=main
2. Персональные странички как ты и предлагал хранить на сервере в подпапках типа /vasya.
3. Далее в главное меню в ява-скрипт (я правильно понял что там будет выпадающее меню на яве?) дописать для каждого юзера ссылки типа:
index.php?user=vasya&ID=main и
index.php?user=vasya&ID=write_me.
4. Ну а теперь к самому вкусному

центральная часть (доработанный твой скрипт):
PHP код:
<?php
include("menu.htm");
echo "<br>";
if ((isset($_GET["ID"])) and ($_GET["ID"] != "")) {
$res = $_GET['ID'];
$links = array("main","read","became_healthy","lose_weight","became_beauty","check_yourself","take_rest","stories","write_me");
if (in_array($res, $links) {
if ((isset($_GET["user"])) and ($_GET["user"] != ""))
if (($res=="main") or ($res=="write_me")) include ("$_GET["user"]/$res.htm");
else include("$res.htm");
//хм.. не знаю нужна ли следующая строка
else include("$res.htm");
}
else include("main.htm");
}
else include("main.htm");
?>
Ну вот пожалуй все...