1. Создай ярлык для ДОСовой (обязательно!) проги.
2. Правой кнопой мыша->Свойства->Вкладка "Программа"->Дополнительно
3. Пропиши пути к своим файликам autoexec и config.
4. В свойствах ярлыка измени путь и имя исполняемого файла на любые необходимые.
Дальше ярлык можно тиражировать, изменяя каждую копию... Можно даже прописать отдельные конфигурации для каждого ярлыка...