Я имею ввиду как у тебя прописаны фонты в Х?
То есть путь на каталог с фонтами у тебя прописаны через фонт сервер (xfs) или напрямую в конфиге Х?
В любом случае попробую запустить xfontsel или xlsfonts (возможно неправильно прописал название команд из-за буквы s после font. Всегда путаю
). Вобщем запусти и найди свои потерянные шрифты. Если их нет то у тебя что-то с "пропиской" шрифтов в системе.
Программы основанные на библиотеке gtk1 видят шрифты или через xfs или на прямую через Хсервер.