как я думаю, файловая система тут совсем непричем...
была такая же трабла давно еще, поменял проц с Цел 600 на П3-750...
при запуске игр (аля Quake) и иногда фильмов комп просто-напросто подвисал... проверил температуру - опа перебор!
поменял кулер, родной был видимо уже плохой, все стало ОК... до сих пор родня пользуется и не жалуется!