Я долго мучился с аналогичной проблемой у MS Natural Multimedia Keyboard. Проблема была в том, что в родном софте с оффсайта про F-Lock ничего не было, и как я узнал, нет абсолютно никакой возможности программно контролировать переключение F-Lock, чтобы написать программку и поставить её в автозагрузку.
Но решение было найдено! В w2k/xp/2003 есть такая штука как Scan Code Mapper, которая позволяет просто переназначить скан-коды клавишь при вкл и выкл клавише F-Lock. Это решение уже даже автоматизировали внесением изменений в реестр.
Тут пример:
http://mvps.org/jtsang/flock.html