Не должно быть такого. Да, родная прошивалка не видит модем, но ей можно просто назначить порт для проливки.
Если через терминалку модем видится, то тут трудно догадаться что.
Теоретически конечно может быть повреждена одна из жил COM-кабеля или сам порт, но это легко проверить заменой кабеля-перестановекой модема на другом компе-порту....
Скорее всего флэшка в ммодеме того... этого....

Потому что команд модему, запрещающих прошивку, не знаю.
В сервисах обычно флэши либо перепаивают, либо перепрошиваю т на внешних программаторах легко. Не один раз отправлял гарантийные модемы - возвращались через 2-3 дня....