Что-то заблудился.
Итак, при загрузке компа автоматически начинается сканирование дисков? До приветствия?
Если это так, то это само по себе признак нездоровья либо файловой системы, либо ОС! В нормальной ситуации его быть не должно.
Есть возможность проверить работу системы с обычнными клавой и мышой?
Если да - прогрузись с ними и отпиши диагноз - повторяется или нет?
При перезагрузке с нормальными девайсами скан остается? Проходит полностью? Или после скана и следующей перезагрузки система стабилизируется?
Пожалуйста отпишись...
