[aceofext]

Java - сложный язык программирования для написания различного рода программ. Для написание програм на Java нужна специальная среда разработки. Код написанный на Java нуждается в компиляции. Я лично Java не знаю.
JavaScript - это скриптовый язык (так называемый язык сценариев), имеющий мало чего общего с Java, используется в основном для написания простых скриптов. Не нуждается в компиляции, а исполняется специальной программой, интерпретатором, который воспринимает программу на входном языке как данные, по очереди анализирует и выполняет каждую команду, строчку за строчкой. JavaScript главным образом используют в веб-страницах.
Книг я не знаю, я обычно все учу в интернете. Просто используй Гугль, найдешь все, что надо.