зачем, для разовых работ, пользоваться промежуточным продуктом.... ?
очень не плохо сканируется и распознаётся текст с помощью встроенных средств Microsoft Office. Вы же после распознавания в FineReader передаёте текст в Word, правильно?
Так вот сканируйте сразу с помощью MS Office
Я сам пробовал, всё нормально.