supermount требует патчей для ядра, submount же встает как модуль и не требует модификации самого ядра. Более глубокие различия мне неизвестны 8)
Вроде проблем особых со установкой submount нет - собираешь subfs, проверяешь его modprobe subfs. Если все ок - собираешь submountd, создаешь точки монтирования и прописываешь в fstab. Все, все должно работать.
У меня сразу без проблем завелись на сабмаунте cdrom и дисковод, с usb-ридером для флешек пришлось попрыгать. Если subfs работает, но на usb-устройства в dmesg всякая ругать - то я
здесь описывал возможные причины и методы решения, посмотри, может помочь.
PS: мне при настройке пригодились howto из gentoo-wiki, в частности
HOWTO USB Mass Storage Device и
HOWTO Submount.