может линукс написал в загрузочный сектор что-то не то, а при форматировании, как я знаю, начальные сектора не трогаются. По крайней мере у меня такая проблема была когда мне нужно было после XP поставить 98 вроде все отформатил, но не ставилось, оказалось, что нужно Partition Magic форматировать, тогда все в ажуре
