[CPUser]

Можно взять пресловутый Virtual Dub, применить его фильтр resize к одному из фрагментов, чтобы оба видеофрагмента имели одинаковый размер видеокартинки, затем склеить им же то, что получилось (append AVI segment)...

P.S. Могут быть проблемы со звуком - из-за разного битрейта. В этом случае вытащите (streams->stream list->save wav) из обоих фрагментов звук, склейте, ну, скажем, в Nero Wave Editor-е (он всегда под рукой, вместе с самим Burning Rom-ом), затем, отключив звук (streams->stream list->disable) в сегментах, склейте их, а потом добавьте звук, который обработали в Wave Editor-е (streams->stream list->add). Вуаля!