Я не до конца написал то какие мне папки нужны в настройках.
В общем апач лежит у меня здесь С:\usr\local\apache\
Perl лежит тут C:\usr\local\bin\perl\
Скрипты должны лежать в C:\cgi-bin
Веб-страницы в C:\www
Вот вроди и все что должно быть по другому.
Когда я в прошлы раз ставил апач, почему-то не работали скрипты cgi в вебстраницах, когда пробуешь открыть через браузер!

Мы вроди нашли странность в папке перла - xexe лежит по такому пути:
C:\usr\local\bin\perl\bin\perl.exe если это конечно странность, при установке указываю путь C:\usr\local\bin\perl
Но я не уверен что это странность, потому что если запускать pl скрипты то все работает с путем C:\usr\local\bin\perl