тэкс, программа проверки тут ни при чем. нафига вообще ее приплели, а?.. стали тут рассуждать, как называется, да чем заменить. с какого перепуга?..
насчет runonce - не согласен категорически! туда записываются программы, которые должны стартовать при _следующем_ старте системы. когда система падает, оно просто не успеет туда записаться

на самом деле, проверяется, корректно ли отмонтирован диск при предыдущем выходе из системы.
так вот, у меня такая фигня была - экспериментировал с установками каких-то программ: грузится гуи, секунд через 10 - перегрузка. правда, на 2000-ой, ну да какая разница. я решил проблему восстановлением реестра, точнее, его части system.
поступи аналогично - сохрани старую копию реестра и восстанови из restore. если не поможет, верни обратно старую копию - будем думать еще...