1 mp3DirectCut может создавать cue (потом открывается блокнот и можно ручками подредактировать).
2 Easy CD-DA Extractor (как вариант предложенному ваше EAC)
3 Или в Неро (Wizard необязательно мона просто cue файл кинуть как обычно), или опять же в Easy CD-DA Extractor (у меня Неро, когда я попробовал скормить ему cue сказал что мол данный wma файл защищен и не может быть записан, прикол в том что cue был на mp3 файл, а Easy CD-DA Extractor скушал без проблем).
Если вдруг что не понятно пиши, попытаюсь помоч.
PS
Easy CD-DA Extractor смотрим тута